Trung tâm Y tế thị xã Ba Đồn, tỉnh Quảng Bình được thành lập theo Quyết định số 765/QĐ-UBND ngày 01/4/2014 của UBND tỉnh Quảng Bình. Là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế Quảng Bình, có chức năng triển khai thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn kĩ thuật về Y tế dự phòng, phòng chống HIV/AIDS, phòng chống bệnh xã hội, an toàn vệ sinh thực phẩm, chăm sóc sức khỏe sinh sản, dân số KHHGĐ và truyền thông giáo dục sức khỏe trên địa bàn thị xã Ba Đồn; quản lý, chỉ đạo Trạm Y tế các xã, phường thực hiện công tác chuyên môn kĩ thuật chăm sóc bảo vệ và nâng cao sức khỏe nhân dân.

Trung tâm Y tế thị xã Ba Đồn là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế, chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính, chuyên môn và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ của các đơn vị y tế tuyến tỉnh, Trung ương; chịu sự quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân thị xã Ba Đồn. Trung tâm có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật.